Omdat Basenji's nog steeds worden geïmporteerd uit hun historische thuisland, duiken er soms interessante, niet-standaard kleuren op in het ras.

De meest voorkomende en bekende kleur is rood/wit maar er zijn nog 3 erkende varianten zoals: zwart/wit en tricolor. En de laatste en geliefde kleur, brindle/wit, werd pas in 2000 officieel als standaard erkend.

Het permanente witte handelsmerk:
Elke Basenji, ongeacht de kleur, heeft een kenmerkende uitstraling, namelijk de witte kleur op zijn borst, voeten en staartpunt. Het wit op de poten, bles en kraag is echter optioneel. Opgemerkt moet worden dat deze witte kleur van de Basenji nooit de primaire kleur(en) mag overheersen.

Zwart, brindle, rood en tricolor zijn de belangrijkste kleuren, die bezetten een groter gebied op het lichaam van de hond dan de witte kleur. 

Rode Basenji
De (kastanje)rode kleur lijkt het meest op de kleur van een kastanjepaard en niet op de vrucht van de kastanjeboom, die meer op een donkere mahonie zou lijken. We houden van de levendige oranjerode kleuren als we ze zien, wat niet zo vaak is als we zouden willen. We willen altijd heldere, glanzende rode vacht zien.

Zwarte Basenji
Puur zwart is glanzend zwart zonder bruine haartjes. Er kan soms wat grijze ondervacht zijn of verspreide witte haren, maar dit is normaal. Deze kleur wordt niet vaak gezien.

Tricolor Basenji (zwart en rood)

Driekleurige honden hebben vachtkleuren in een combinatie van bruin, zwart en wit. De hoofdkleur is zwart maar de hond heeft rode poten, achterse en in de staart. In de kop hebben zij een duidelijk masker door de rode wangen en meloenvormige markeringen boven de ogen.

Brindle Basenji
Het gestroomde (zwarte strepen op een achtergrond van rood) kleurenpatroon is ook onderhevig aan een aantal variaties, omdat we het aantal of de rangschikking van de strepen niet specificeren. We kunnen heel duidelijk gemarkeerde gestroomde honden zien met slechts een paar strepen, maar ook honden die zo sterk getekend zijn dat de rode achtergrond nauwelijks zichtbaar is. Nogmaals, de hond onder de strepen is de belangrijkste factor in het grotere geheel.